Até o dia 16 de abril, 1.168 casos microcefalia e outras alterações do sistema nervoso, sugestivas de infecção congênita, foram confirmados no país. Ao todo, foram notificados 7.150 casos suspeitos desde o início das investigações, em outubro de 2015, sendo que 3.741 permanecem em investigação e 2.241 foram descartados para.

Do total de casos de microcefalia confirmados, 192 tiveram resultado positivo para o Zika por critério laboratorial específico para o vírus. No entanto, o Ministério da Saúde ressalta que esse dado não representa, adequadamente, a totalidade do número de casos relacionados ao vírus. Ou seja, a pasta considera que houve infecção pelo Zika na maior parte das mães que tiveram bebês com diagnóstico final de microcefalia.

Até o dia 16 de abril, foram registrados 240 óbitos suspeitos de microcefalia e/ou alteração do sistema nervoso central após o parto ou durante a gestação (abortamento ou natimorto). Destes, 51 foram confirmados para microcefalia e/ou alteração do sistema nervoso central. Outros 165 continuam em investigação e 30 foram descartados.